또한, 교육 프로그램의 질적 수준에서는 비사범계열 전국 1위로 평가됐다. 교육프로그램 질적 수준은 교육기관 활동 중 특히 핵심에 해당하는 부분이다.
  
한국과학창의재단과 복권위원회의 지원을 받아 진행되는 과학영재교육프로그램은 교육부 지정 전국 25개 대학 부설 과학영재교육원을 중심으로 관찰·추천제로 선발한 초, 중학생을 대상으로 수학, 물리, 화학, 생물, 지구과학, 정보 등 6개 분야에서 심화 및 사사과정이 운영되고 있다.

군산대학교 과학영재교육원이 우수한 성과를 거두고 있는 것은 군산은 물론 인근지역 초, 중학교 학생들을 대상으로 일반적인 과학영재교육 및 해양갯벌체험, 융합교육, 미니과학프로젝트, 최고과학자와의 만남 등 다수의 창의적이고도 특성화된 과학체험프로그램을 교육해왔기 때문이다.

특히, 해양과 가까운 지역 특이성을 극대화한 해양갯벌체험 및 해양영재교육은 타 영재교육원과는 차별성 높은 교육프로그램으로 인정받고 있다.

군산대 영재교육원 관계자는 “시설 및 행정지원에서 유리한 사범대와 교대 영재교육기관 등이 다수 포함된 평가에서 전체 A등급과 교육프로그램 질적 수준 평가 1위의 성과를 얻었다는 것은 군산대 영재교육원의 뛰어난 역량을 방증하는 것이다”고 말했다.

한편, 군산대 과학영재교육원은 전국 25개 대학 중 제일 늦게(2006년) 과학영재교육사업에 참여했지만 내실있는 운영과 특색있는 사업 추진으로 많은 주목을 받고 있다.